副本挑战是提升实力、获取稀有装备和资源的核心途径之一。其中最具代表性的副本包括秦皇帝陵、门派禁地、聚灵庄和鸣翠谷等。这些副本根据难度分为普通、困难和苦战三个层级，通关后能获得蓝色强化石、高级宝石、轻功残页以及60级金装碎片等珍贵奖励。尤其秦皇帝陵副本，成功击杀最终BOSS可额外掉落强化石，而困难与苦战难度下需特别注意BOSS技能机制，例如鬼牛师的召唤小牛、鬼爪的正面攻势秒杀技等，团队配合与走位是关键。
门派禁地副本是玩家早期接触的挑战之一，20级即可参与。该副本分为两个阶段，第一阶段需击败拦路小木卫、铁卫及巨型木人/铁人，第二阶段则需对抗真·凤凰五毒。掉落物品涵盖武魂残页、炼体丹、宝石和江湖令，是新手积累基础资源的重要来源。副本设计紧密结合门派特色，例如五毒弟子闯丐帮山门的场景，既考验操作也丰富了武侠世界观体验。远程与近战职业需明确分工，避免因仇恨混乱导致团灭。
聚灵庄和鸣翠谷作为40级与30级代表副本，分别支持组队与单人挑战。聚灵庄的机制设计强调团队协作，例如需要分阶段激活机关或处理多目标战斗；而鸣翠谷则更侧重个人操作，玩家需灵活运用轻功躲避地形伤害。每日限定5次挑战次数，可通过重置增加机会，但需权衡资源消耗。高难度模式下，三星通关普通难度方可解锁困难模式，进一步考验玩家对副本机制的掌握程度，例如鸣翠谷BOSS的百分比掉血大招需通过走位规避。
休闲副本如铜人阵闯门派财神到虽难度较低，却是稳定获取经验、修为和私银的重要途径。每日可完成2次的设定适合时间有限的玩家，其中财神到结合轻功玩法，在收集货币的同时提升操作技巧。这类副本与主线副本形成互补，帮助玩家均衡发展角色属性。副本开放时间多为特定时段，例如秦皇帝陵需在每日限定时间内进入，提前规划挑战顺序能显著提升效率。
针对高阶玩家，90级重温副本和帮会副本如60级/70级考验更为综合。帮会副本需跳脱常规路线，例如70级副本要求从河道迂回避开桥上陷阱；60级副本则需合理分配队员职责，由坦克吸引BOSS仇恨，治疗专注续航，其他成员及时转火处理召唤物。这些副本的解锁往往需要帮会集体完成前置任务，强调社交协作。奖励方面，除装备外还包括帮会资金和稀有道具，对帮会整体发展具有战略意义。
副本挑战的整体策略需结合角色特性调整。近战职业需关注BOSS技能前摇，远程职业则要优化输出距离；苦战难度下建议全员配备高级药水应对持续伤害。随着版本更新，副本机制可能动态调整，保持对攻略信息的同步更新至关重要。通过系统性地攻克这些副本，玩家能逐步完善角色培养，深入体验卧虎藏龙的武侠精髓。
